Добрый день!
Цитата: Другими словами, Вы покупаете лицензию и перепродаете ее медучреждению.Но это может относится только к неисключительному праву (пользования) по программному обеспечению.
Полностью соглашусь с Александром.
В вашем случае, судя по всему, порок в изначальных формулировках заключенного договора. С точки зрения существа правоотношений здесь не должно быть услуг.
Вы пишете
Цитата: Организация является партнерами, т.е. сублицензиатом.
то есть, заключается сублицензионный договор, по которому ваша организация передает право пользования ПО (ст. 1238 ГК РФ). Только, наверное, все же ваша компания является лицензиатом по лицензионному договору, а не сублицензиатом по сублицензионному.
Понятно, что сублицензионный договор - это не услуги - см. ст. 128 ГК РФ, где охраняемые объекты ИС названы отдельно от услуг.
Либо, если отбросить сублицензионный договор и исходить из того, что вы сами получили ПО по сублиценизонному договору, т.е. являетесь именно сублицензиатом, а не лицензиатом, то, скорее, нужно говорить о некоей посреднической деятельности - вам поручено найти поставщика ПО и заключить с ним лицензионный (сублицензионный) договор от своего имени но за счет доверителя. С точки зрения ГК РФ это тоже не услуги - см. п. 2 ст. 779 ГК РФ.
Так что прежде чем исправлять документы нужно разобраться с существом возникших по вашему договору правоотношений.